Les principaux partenaires de l’Hôpital du Mali sont entre autres :

• Université des Sciences, des Techniques et des Technologies (USTTB) ;
• Coopération chinoise ;
• Universités et écoles de formation sanitaire ayant une convention avec l’hôpital ;
• ONGs (santé diabète, Fédération Mondiale de l’Hémophilie, NovoNordisk Haemophilia Foundation, Muso, Médecins sans frontière, etc.) ;
• Coopération chaine de l’espoir et terres des hommes ;
• Coopération avec université d’Aix- Marseille – France ;
• Coopération avec la Bretagne France ;
• Coopération Teo Angers ;
• Coopération cure internationale ;
• Fondation Orange ;
• Médecins sans frontières.

En outre, il existe à l’Hôpital du Mali des services techniques pour la formation des médecins inscrits aux Diplômes d’Études Spécialisées de l’USTTB dont les principaux sont : le DES d’Endocrinologie et de Maladies Métaboliques et celui de la Chirurgie Thoracique et Cardio-vasculaire. Ces DES ont une reconnaissance internationale avec des partenariats sous régionaux. Ils accueillent en plus des nationaux, des auditeurs du Benin, du Burkina Faso, de Guinée Conakry, de Côte d’Ivoire, du Sénégal, du Tchad et du Gabon.